Kynsilaukan DNA ja JOKAMIESEKVENSSOINTI.

Linkki DE RE ALLII SATIVIN tietosivuille.

 

Kynsilaukan DNA ja JOKAMIESEKVENSSOINTI.

ante diem V Idus Apriles MMXXI

De Re Allii Sativi — VII tuotantokausi

Torsten Sandberg

Lyhenne DNA viittaa tietenkin perinnöllisyystieteeseen ja eri elämänmuodon rakennusohjeisiiin. DNA on ollut muotisana sen jälkeen kun ihmisen perimä, 3,1 miljardia emäsparia saatiin selvitettyä. Sen jälkeen ihmiskunta on saanut uusia puheenaiheita, milloin on löydetty geenejä jotka selvittävät minkäkin ihmisen ominaisuuden tai taipumuksen. Halvoista geenitesteistä jotka väittävät kertovansa sinun perimäsi ja alkuperäsi on tullut suorastaan nykyaikaisen astronomian korvike. Ihmiset saavat hupia ja lohtua monista asioista ja tuollaisten testien tuloksissa kerrotaan itsestäänselvyyksiä. Sellaisia itsestäänselvyyksiä jotka jokainen voi saada ilmaiseksi keneltä tahansa vakavasti otettavalta perinnöllisyystieteilijältä. Suhteellisen valistunut ja sivistynyt ihminen tietää ne itsekin. Jos minä, tämän kirjoittaja, sanoisin jollekin ruotsalaiselle perinnöllisyystieteilijälle että olen Kaarle Suuren ja vähintään kolmen Ruotsin kuninkaan jälkeläinen alenevassa polvessa niin en tekisi mitään vaikutusta. Lakoninen vastaus olisi aivan varmasti ”Samma här!” 

Ihmisen genomi on selvitetty ja niin on myös kynsilaukan. Molemmat löytyvät netistä jos osaa ne sieltä vain etsiä joten jätetään turhat hyperlinkit pois. Ihmisen genomi sisältää 3,1 miljardia emäsparia. Sanotaan että lukuja on vaikea hahmottaa ja siinä onkin monen rikkaan ihmisen epäonni. Jossain vaiheessa suhteellisuudentaju häviää tuhoisin seurauksin. Tuo kolmen ja puolen miljardin emäsparin ”ketju” voidaan hahmottaa vaikkapa sellaisen ajatelman keinoin jossa perusyksikkönä on tuhat greippiä sisältävä kuution laatikko. Greipin halkaisija on 10 senttiä. Suuret luvut ja lukusarjat voi helpommin yrittää käsittää geometrisinä alueina. Lähdetään siis siitä  että yksi emäspari vastaa yhtä greippiä. Aari koostuu, kuten tiedämme, sadasta neliömetristä. Tällaiselle alueelle voi muuten istuttaa noin 1200 kynttä kuten valistunut kynsilaukan viljelijä hyvin tietää. Yhden aarin kokoiselle alueella mahtuu sata kuution vetoista laatikkoa eli em. alueelle mahtuisi 10000 greippiä. Laatikon koko olisi tosin tuossa tapauksessa noin 100x100x115 senttiä ja korkeusulottuvuus siis viimeisenä. 0,1 hehtaarin alueelle saataisiin jo miljoona greippiä, hehtaarin alueelle 10 miljoonaa greippiä, 10 hehtaarin alueelle 100 miljoonaa greippiä, 100 hehtaarin alueelle miljardi greippiä ja lopulta 310 hehtaarin alueelle 3,1 miljardia greippiä.

3,1 miljardia greippiä vaatisivat 3,1 miljoonaa edellä mainitun kokoista laatikkoa. Jos ne laitettaisiin peräkkäin syntyisi 3100 kilometriä pitkä jono laatikoita. Linnuntietä varsin suoralla reitillä se on matka Auran pappilasta Kreikan pääkaupunkiin Ateenaan. Ylöspäin katsottaessa päästäisiin varsin korkealle eli 3100 kilometriin . Hubble-teleskooppi keikkuu keskimäärin noin 540 kilometrin korkeudella. 3100 kilometriä on kuusinkertaisesti Hubblen radan keskimääräinen korkeus maan pinnasta katsottuna. Kaksoisplaneettajärjestelmämme toiseen kappaleeseen eli Kuuhun olisi vielä toki matkaa. Edellä kuvattu skaala antaa jonkinlaisen käsityksen ihmisen genomin suuruudesta. Sen kartoittamiseen tarvittiin aikoinaan 3,5 miljardia dollaria ja noin 10 vuotta ja on suurin yksittäinen tieteellinen hanke mihin ihminen on kerrallansa ryhtynyt. Ihmisen genomi on vielä varsin pieni jos sitä verrataan kynsilaukan genomiin johon kuuluu 16,24 miljardia emäsparia ja se sisältää 57 361 proteiineja koodaavaa geeniä. Ihmisen geenien lukumäärästä kiistellään ja nykyään esitetään arvioita jotka liikkuvat skaalassa 22000-50000. Kukaan järkevä tiedemies ei lähde nykyään sanomaan tarkkaa lukua. Miksi viivyimme tässä ehkä jonkun mielestä turhanpäiväisessä lukuviidakossa? No sanotaan sitten vaikka että mikään ei ole turhaa jos se auttaa pysymään nöyränä. Nöyränä on oltava sillä ihmiselle on kaksi asiaa jotka ovat vaikeita ymmärtää. Toinen on iankaikkisuus ja toinen tähtitieteelliset eli tolkuttoman suuret luvut.

Liikutaan siis suurissa lukemissa. Kiinalaisten tutkimuksen tarkoitusperistä ei ole kovin tarkkaa tietoa mutta nyt kynsilaukan geneettinen monimuotoisuus on kyllä paljon paremmin ymmärrettävissä. Ehkä saamme siitä vielä lisää tietoa kun opimme lukemaan jo saatavilla olevaa dataa. DNA ei saa kuitenkaan olla sellainen taikasana joka hämää ja saa meidät unohtamaan kokonaan morfologian eli sen mitä voimme paljaalla silmällä lukea ja havainnoida kasvin ulkonäöstä ja osista. Morfeemi jokin yksittäinen tuntomerkki ja kynsilaukan ohella sellainen voi olla esimerkiksi kuoritun kynnen sisäkaaren yläkärkinotkelma jollainen löytyy vain yhdestä Rocambole-ryhmän lajikkeesta. Yksittäisessä kovavartisessa kynsilaukka-kasvissa on helposti erotettavissa noin 120 morfeemia joiden avulla päästään luokittelemaan eri ”suur-fenotyypit” joista käytetään nimeä kasvuryhmä ja jotka todennäköisesti hyvin varmasti ilmineeraavat sen taustalla meille näkymättömissä olevia geneettisiä suuria hahmoryhmiä joista käytetään nimeä haploryhmä. Pienemmillään fenotyyppiryhmän muodostaa yksi lajike, suurimmillaan siihen voidaan lukea jopa 40 eri yksittäistä lajiketta. Morfologisen analyysin perusteella voidaan tunnistaa suurin osa yksittäisistä lajikkeista ja esimerkiksi ns. Rocambole-ryhmässä esimerkiksi Ison venäläisen ja Punaisen venäläisen toisistaan erottaminen on varsin yksinkertainen toimenpide jos tuntee tarvittavat 5-6 morfeemia.

Kun siis morfologialla on DNA-aikakaudellakin sijaa niin Ron L. Engelandin rakentama järjestelmä tulee edelleenkin olemaan ensiarvoisessa asemassa. Tosin hän teki yhden virheen lukiessaan lasipurppurat läheiseksi suurfenotyypiksi raitapurppuroille ja marmoripurppuroille. Lasipurppurat ovat selkeästi ns. Aasian purppuroista juontuva suurfenotyyppi. Kaiken kaikkiaan yli 5 lajiketta sisältäviä suurfenotyyppejä ollee noin 14-16 ja yhden lajikkeen hapakseja kymmeniä ja niitä syntyy koko ajan lisää. Viitteitä on De Re Allii Sativin koeviljelmällä saaduissa tuloksissa siihen että artisokkien kasvuryhmä tulee jakaa kolmeen eri suurfenotyyppiin ja posliinit kahteen. Työ on kuitenkin aluillaan ja edellä sanottu on vain se mitä tällä hetkellä kokonaisuudesta voidaan ylimalkaisesti sanoa, eli se on tieteellisessä mielessä vain teoria. Einsteinin yleisestäkin suhteellisuusteoriasta käytetään edelleen nimitystä teoria eikä todellakaan puhuta Einsteinin suhteellisuustotuudesta.

Koeviljelmällä kasvaa tällä hetkellä myös ns. Alexandra-kokeen toinen koepenkki ja se onkin suuren huomion kohteena tällä kasvukaudella. Näytteet on kerätty usealta eri kasvattajalta ja alustavan, useimmissa tapauksissa raapin ja kynsien pohjalta tehdyn analyysin pohjalta voidaan sanoa, että lähes kolmenkymmenen näytteen joukossa on ainakin kuutta eri lajiketta kolmesta eri kasvuryhmästä. Hypoteesi jonka esitin jo vuonna 2016 sai alustavan vahvistuksen. Alexandra ei siten olisi mikään yksittäinen lajike ja tuon nimikkeen alla myytäisiin ja levitettäisiin siis lähes mitä tahansa. Niin sanotun alkuperäisen Alexandran määrittäminen on toki mahdollista ja siihen palataan vielä.

Edistystä on tapahtunut paljon siitä kun Engelandin skeema laitettiin tarkastelun alaiseksi vuonna 1995 kun ensimmäiset DNA-analyysit kynsilaukan suhteen tehtiin. Sen jälkeen on syntynyt lukuisia uusia lajikkeita ns. oikeista siemenistä ja lukuisia mutaatioita on myös ilmaantunut. Kiinalaisten tekemä perustutkimus ansaitsee vielä paljon huomiota ja niin uskomattomalta kuin se kuulostaakin, niin jo tällä hetkellä DNA:n sekvenssointi on periaatteessa mahdollista kaikille jotka ovat valmiita paneutumaan asiaan. Kovin suurilla kustannuksilla oman pienen laboratorion  perustaminen on todellakin jokamiesoikeus ja netistä voin tilata korttipakan kokoisen sekvenssointilaitteen, jonka voi liittää USB-johdolla tietokoneeseen. Siispä on ilo ottaa käyttöön näin Mikael Agricolan päivänä ja suomalaisen kirjallisuuden päivänä uudissana JOKAMIESEKVENSSOINTI. Aikaa sekvenssoinnin saloihin perehtyminen vie tuhansia tunteja ennen kuin mitään pienintäkään saa aikaan, mutta mitäpä ei tekisi jos on todella kiinnostunut asiasta. Alexandra-ongelma on mahdollista selvittää puhtaasti morfologisin menetelmin mutta hypoteesi kolmesta eri artisokasta, kahdesta eri posliinista, Sandbergin Messidorin mutaatioista ja monesta muusta mielenkiintoisesta asiasta vaatiikin jo vähän enemmän syyniä. 

Ja mitäpä loppuun? Prinssi Philippin kuolema menee nyt kaiken edelle. Hän oli mies joka ei ainakaan virallisesti syönyt kynsilaukkaa sillä se ei kuulu Englannin hovin keittiön antimiin. Ellei sitten syönyt Ellulta salaa? Sitä emme tiedä. Soitetaanpa jalosukuisen miehen ja entisen Wuff-Wuff-Föffin päällikön kunniaksi tämä laulu. Tietenkin Rule Britannia. Kuunneltuani lukemattoman määrän eri versioita palaan aina tähän kursailemattomaan Lucie Skeapingin ja John Potterin tulkintaan. RULE BRITANNIA.

 

 

Linkki DE RE ALLII SATIVIN tietosivuille.